Μετά από τη δημιουργία του συστήματος Fractale, η ανθρωπότητα για πρώτη φορά στην ιστορία κατάφερε να δημιουργήσει έναν "παράδεισο", όπου η ζωή είναι ανέμελη. Τώρα, 1000 χρόνια μετά τη δημιουργία του Fractale, το σύστημα εξακολουθεί να δουλεύει αλλά κανείς δεν μπορεί να κατανοήσει τον τρόπο λειτουργίας του. Ο Clain, ένα αγόρι που ζει ανέμελα, συναντά τη Phryne, μια κοπέλα που την κυνηγούν κάποιοι άγνωστοι. Εκεί αρχίζει η αναζήτηση του Clain για την αλήθεια πίσω απ' το Fractale.